Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud di atas, STAIN Pontianak menyelenggarakan fungsi:

1.            Perumusan kebijaksanaan dan perencanaan program.

2.           Penyelenggaraan pendidikan dan pengajaran ilmu pengetahuan agama Islam, teknologi dan seni yang bernafaskan Islam.

3.           Pelaksanaan penelitian dalam rangka pengembangan ilmu pengetahuan agama Islam, teknologi dan seni yang bernafaskan Islam.

4.            Pelaksanaan Pengabadian kepada masyarakat.

5.            Pelaksanaan Pembinaan kemahasiswaan.

6.           Pelaksanaan kegiatan civitas academica dan hubungan dengan lingkungannya.

7.           Pelaksanaan kerja sama dengan perguruan tinggi dan/atau lembaga lain baik dalam dan luar negeri.

8.            Penyelenggaraan administrasi dan manajemen.

9.            Pelaksanaan pengendalian dan pengawasan kegiatan.

10.       Pelaksanaan penilaian, prestasi dan proses penyelenggaraan kegiatan serta penyusunan laporan.